先确认厚度：EVGA 3090 三风扇版（FTW3 系列）是 2.75 槽厚卡，3090 FE 官方标 2 槽但散热器实际也不薄。两张插相邻槽位中间基本零间隙，下面卡的顶部排风会直接吹进上面卡的进风口，必然过热降频，你这个担心是对的。

不想换主板的最省钱方案：PCIe 4.0 x16 延长线（riser cable，认准 4.0 版本，3.0 的带宽砍半）+ 竖装支架，或者干脆把 FE 放开放式机架/机箱外。3090 FE 是上下贯通式散热（底部进风、顶部出风），竖装反而正好发挥它的风道，这是双卡最实用的一招。

想换主板的话，重点看槽间距而不是有几个槽：选第二条 x16 物理槽在第 5~7 槽间距的板子（不少大板第二根 x16 在第六槽位，5 槽间距能轻松放下 2.75 槽 + 2 槽）。买之前去官网查 PCIe slot spacing 或看评测实物图，工作站板（X299/W790）间距普遍更宽，但代价是平台整体换。

如果打算上 NVLink：桥分不同槽距规格，EVGA 有柔性桥可以适应，但要先定好两卡间距再买桥，顺序别反。

提醒一点：双 3090 满载 700W+，电源建议 1000W 起步；另外两张 24G 不会合并成 48G 用（NVLink 不池化显存），实际是双卡分工（比如一张跑 LLM 一张跑 ComfyUI），动手前先想清楚用途，能单卡解决就别折腾物理安装。