按这个标准过一遍三个选项：

A. 再组 X99 给 3090 —— 最不推荐
等于花 1500~2500（板+U+内存+电源+机箱）给 3090 买一个"外接插槽"。X99 的 E5 单核性能比你的 13700KF 差 40% 以上，ComfyUI 的 CPU 端（节点调度、VAE decode、模型加载解包）会被拖慢，3090 的 24G 显存优势被平台拖后腿。除非你想要一台独立的第二台机器（比如放别处），否则纯浪费。

B. 换支持拆分的 Z790 D4 板 + 拆分卡 —— 同机双卡最低成本路线

• 魔改 4090 是 PCIe 4.0 卡，你纠结的"PCIe 5.0 拆分"其实是伪需求：拆分卡 x8+x8 跑在 PCIe 4.0 上带宽足够（x8 4.0 = 16GB/s），推理/出图都绰绰有余。
• 关键坑 1：两张卡都必须走 CPU 直连槽。很多 Z790 的第二根 x16 是 PCH 出来的 x4，3090 插上去带宽直接腰斩。买板子时确认支持 8+8 拆分的双直连槽（华擎 PG Riptide / Steel Legend 这类）。
• 关键坑 2：供电。4090 魔改 450W+ 加 3090 350W 加 13700KF，满载 1000W 起步，电源要 1200W 以上，8pin 头要够（4090 魔改一般 3×8pin）。
• 关键坑 3：散热。4090 三风扇 336mm+，两卡挨着插，第二张卡温度直接起飞，机箱风道要提前想好。
• 成本：板子差价几百到一千 + 拆分卡 200~400，总花费 1000~1500，是三个选项里最省的。

C. TRX40 创世 + 3960X —— 最贵且最没必要
原生 4×PCIe 4.0 x16 多卡扩展性确实最强，但 TRX40 创世二手板 3000+，3960X 是 2019 年的 24 核，单核比 13700KF 慢一大截，你日常的 ComfyUI + agent 全吃单核性能，换过去是降级。这套是给"真要上 3~4 卡跑 TP/PP"的人准备的，你明说双卡联合不是刚需，花 6000+ 换平台纯属为不需要的功能买单。

我的建议：先零成本试试——魔改 4090 48G 插现有 Z790 上跑 qwen3.8（48G 显存 Q8 量化都能装，27B 满血跑，甚至 70B Q4 也能挤一挤），3090 继续跑 ComfyUI 出图，两张卡分开时段互不抢电。48G 单卡跑 agent 的体验远好于 24G，你大概率试完就不想折腾平台了。真到"必须同机双卡同时跑"那天，再走 B 方案换拆分板，成本可控。

另外提醒：魔改 4090 到手先验三件事——供电转接线质量（别用便宜转接线，接口熔毁案例不少）、显存温度（满载 30 分钟看热点温度）、花屏测试（跑 3D 压力测试）。48G 魔改卡翻车案例论坛里不少（TID:1311 有讨论），先跑稳再当主力。