• 7900XTX 插 5.0 x16 没问题，别动。
• 那个 4.0 x4 槽和 M.2 转出来的 4.0 x4，单条带宽是一个量级（满速约 7.8GB/s）；但走芯片组的 x4 要跟所有 M.2/USB/SATA 共享一条 DMI 4.0 x4，两块 3090 都挂芯片组侧会互相抢。是哪个槽走 CPU、哪个走芯片组，查主板手册的 block diagram 最准。
• 3.0 x4（约 3.5GB/s）只建议放副卡，别把要参与通信的那块放上去。

对双 3090 跑 AI 的实际影响，取决于你怎么用：

• 层切分（llama.cpp --split-mode layer，或各卡各跑一个模型）：每 token 卡间几乎不过数据，x4 完全够，4.0 和 3.0 差别很小。
• 张量并行 TP=2（两卡合力算一个模型）：每层都要 all-reduce，x4 会明显拖慢，3.0 x4 更差；3090 的 NVLink 桥现在又贵又难买，没桥就只能走 PCIe。

所以结论：如果只是要 48G 容量跑大模型 + ComfyUI，方案一（延长线接 4.0 x4 + 3.0 x4）就够，别为通道过度纠结；真要上 TP，尽量把两块都放到 CPU 直连的 x4 上，别都塞芯片组。

另外两点：双 3090 满载约 700W，先核电源与风道；ComfyUI 双卡不叠加显存，出片主要吃单卡 24G。