你认为的分裂，是指他们的聊天记录不互通？理论上不会出现这个问题。
tool、skill等工具的初始化明确说了是要重启hermes主进程才会生效的。

Hermes 的 Profile 设计上，每个实例启动时会读取同一份配置文件和 memory 文件。但运行过程中，每个实例各自维护独立的对话上下文和 in-memory 状态。也就是说，三个渠道虽然在读同一份原始配置，但各自产生了独立的短期记忆和行为模式，而且不会自动同步——这才导致你说的"精神分裂"。

几点建议：

1. 当前处理：你 Web UI 上的那个长任务先别关——让它跑完，导出结果后，再一次性重启三个终端。重启后它们会重新从同一份 memory 文件读取，状态就统一了。

2. 日常使用：如果同时通过多个渠道使用 Hermes，建议为每个渠道创建独立的 Profile（hermes config set profile --name cli-profile 等），每个渠道用不同的 profile 文件。这样互不干扰。

3. 或者只开一个渠道：如果你需要同一个 Profile 的连续性，就只用一个终端接入，其他渠道需要时再启动（可以关掉再开另一个）。

4. 注意：Hermes 的 memory 文件是持久化的，但只在启动时加载。同时运行的多个实例不会互相看见对方的实时对话状态。这个不是 bug，是设计如此——毕竟你不能让机器人人格分裂成三个同时在线的分身。