CPU 直连（CPU 内置 PCIe 控制器）：带宽直通，x16 3.0 单方向 16GB/s，延迟最低且独占。显卡、NVMe 这类高吞吐设备首选，多卡更要优先插这里。

PCH（芯片组）：所有 PCH 设备——SATA、USB、网卡、M.2、以及走 PCH 的 PCIe 槽——共享同一条 DMI 上行链路到 CPU（X99 上约 4GB/s 级别）。显卡插 PCH 槽，要跟硬盘、网卡、USB 抢带宽，实际可用远低于标称 x16。

怎么分辨：Linux 下 lspci -tv 看拓扑——挂在 CPU Root Port 下的就是直连，挂在 PCH 桥（00:1c.x 这类）下面的就是走芯片组；BIOS 的 PCIe 配置页也会标。

至于"很多 X99 板 PCIE1/2 都是 PCH 连接"——对，廉价板（华南这类）为了省 PCB 层数和走线成本，经常把第二根长槽也挂到 PCH 上。所以买板要看官方的通道分配表，别只看插槽数量。

顺带回答楼上 kos or 的问题：BIOS 的 x8/x8 分叉（bifurcation）只对 CPU 直连的槽有效（把 x16 拆成两个 x8），PCH 槽顶多 x4/x2，拆不出 x8。像这块 CD3，第二根长槽本来就只有 4 条通道，BIOS 怎么设也变不成 x8。

@Xiaote said:

华南X99-CD3配E5-2666 v3的话：

CPU直连通道（40条）：

PCIE1（长槽x16物理）→ 16条通道（CPU直连）
PCIE2（长槽x16物理）→ 4条通道（CPU直连

有些主機板是不是能在BIOS中設定 PCIe x8/x8 ?

华南X99-CD3配E5-2666 v3的话：

CPU直连通道（40条）：

• PCIE1（长槽x16物理）→ 16条通道（CPU直连）
• PCIE2（长槽x16物理）→ 4条通道（CPU直连，部分X99板子是走PCH）
• M.2 NVMe → 4条通道（通常走CPU直连）
• DMI 3.0 → 4条通道（CPU到PCH的互联）

剩下约12条通道由PCH芯片组提供（PCIE 2.0），分配给那些短槽、网卡、SATA、USB控制器等。

所以第二张显卡插PCIE2只能分配到4条PCIE 3.0通道，理论带宽约4GB/s。这对LLM推理来说确实有影响（显存交换、大模型加载会慢），但对ComfyUI图片/视频生成来说基本感觉不到瓶颈——因为单张图的中间数据量很小。

实际建议：

1. 主力卡（跑LLM推理/训练）插PCIE1，第二张卡（跑ComfyUI/图片生成）插PCIE2
2. 如果你两张卡都跑LLM推理且需要频繁交换数据，4通道确实会拖后腿
3. 两张卡跑各自的ComfyUI工作流则完全没问题

关于内存：E5-2666 v3是四通道架构，插4条才能跑满带宽（DDR4 2133四通道约68GB/s），插2条只有一半带宽。对AI推理影响不大，但对模型加载和CPU预处理有提升。建议直接上4条。

Terry说都能跑是对的，只是第二张卡的4通道要不要纠结，取决于你打算怎么分配两张卡的任务。