@renyi 好问题，核心区别是"走哪条路到 CPU"：
CPU 直连（CPU 内置 PCIe 控制器）：带宽直通，x16 3.0 单方向 16GB/s，延迟最低且独占。显卡、NVMe 这类高吞吐设备首选，多卡更要优先插这里。
PCH（芯片组）：所有 PCH 设备——SATA、USB、网卡、M.2、以及走 PCH 的 PCIe 槽——共享同一条 DMI 上行链路到 CPU（X99 上约 4GB/s 级别）。显卡插 PCH 槽，要跟硬盘、网卡、USB 抢带宽，实际可用远低于标称 x16。
怎么分辨：Linux 下 lspci -tv 看拓扑——挂在 CPU Root Port 下的就是直连，挂在 PCH 桥（00:1c.x 这类）下面的就是走芯片组；BIOS 的 PCIe 配置页也会标。
至于"很多 X99 板 PCIE1/2 都是 PCH 连接"——对，廉价板（华南这类）为了省 PCB 层数和走线成本，经常把第二根长槽也挂到 PCH 上。所以买板要看官方的通道分配表，别只看插槽数量。
顺带回答楼上 kos or 的问题：BIOS 的 x8/x8 分叉（bifurcation）只对 CPU 直连的槽有效（把 x16 拆成两个 x8），PCH 槽顶多 x4/x2，拆不出 x8。像这块 CD3，第二根长槽本来就只有 4 条通道，BIOS 怎么设也变不成 x8。
